重慶海關(guān)是長(zhǎng)江上游第一關(guān)，始設(shè)于1891年，歷經(jīng)晚清、民國(guó)等重要?dú)v史時(shí)期。1890年3月中英簽訂《煙臺(tái)條約續(xù)增專條》，重慶被迫辟為通商口岸。1891年3月1日，重慶對(duì)外開埠并設(shè)關(guān)?？箲?zhàn)期間，重慶成為國(guó)民政府的陪都和當(dāng)時(shí)海關(guān)總稅務(wù)司署的所在地，重慶海關(guān)也一度成為當(dāng)時(shí)全國(guó)最大的海關(guān)之一，先后在成都、萬(wàn)縣等地設(shè)有分關(guān)，在貴陽(yáng)、遵義、內(nèi)江、宜賓、涪陵等地設(shè)有支關(guān)和分卡。1950年初，政務(wù)院裁撤重慶海關(guān)。十一屆三中全會(huì)以后，為適應(yīng)改革開放的需要，1980年5月，國(guó)務(wù)院批準(zhǔn)成立正處級(jí)的中華人民共和國(guó)重慶海關(guān)，關(guān)區(qū)范圍包括四川全省總面積56萬(wàn)多平方公里。1984年7月，重慶海關(guān)升格為正廳級(jí)，下設(shè)成都分關(guān)。1989年7月成都海關(guān)直屬海關(guān)總署，重慶關(guān)區(qū)除重慶市外，還轄有川東和川南共58個(gè)縣（市），關(guān)區(qū)面積23萬(wàn)平方公里。1997年3月，八屆全國(guó)人大五次會(huì)議通過(guò)設(shè)立重慶直轄市的決議，同年8月1日，海關(guān)總署調(diào)整重慶關(guān)區(qū)范圍為重慶市行政區(qū)劃，面積8.24萬(wàn)平方公里。經(jīng)國(guó)家批準(zhǔn)，重慶關(guān)區(qū)設(shè)有江北機(jī)場(chǎng)、寸灘港2個(gè)正式對(duì)外開放口岸和中鐵聯(lián)集鐵路中心站臨時(shí)開放口岸，設(shè)有重慶兩路寸灘保稅港區(qū)和西永綜合保稅區(qū)、江津綜合保稅區(qū)3個(gè)海關(guān)特殊監(jiān)管區(qū)域。2018年3月，十三屆全國(guó)人大一次會(huì)議審議通過(guò)《國(guó)務(wù)院機(jī)構(gòu)改革方案》，明確“原國(guó)家質(zhì)量監(jiān)督檢驗(yàn)檢疫總局的出入境檢驗(yàn)檢疫管理職責(zé)和隊(duì)伍劃入海關(guān)總署”。根據(jù)海關(guān)總署對(duì)重慶海關(guān)職能配置、內(nèi)設(shè)機(jī)構(gòu)和人員編制的批復(fù)，目前，重慶海關(guān)機(jī)構(gòu)改革工作已正式完成，現(xiàn)有正處級(jí)內(nèi)設(shè)機(jī)構(gòu)15個(gè)，正處級(jí)機(jī)構(gòu)3個(gè)，6個(gè)派駐紀(jì)檢組和12個(gè)正處級(jí)隸屬海關(guān)單位，關(guān)員共800余人。